分类： 生物探针

这是ABI公司销售附送的软件，可用于设计引物和探针，尤其适用于荧光PCR探针的设计，可以精确计算寡核苷酸与荧光基团鳌合后的Tm值。可以预测引物与引物之间与模板之间等的二级结构。

实时荧光定量PCR分子信标(Molecular beacon )及TaqMan探针设计软件。

Primer Premier5.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件，和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。这里我们主要介绍其引物设计功能，顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。其功能绝不在Oligo 5.0之下！

以前曾经用过另外一款软件catch，但是catch是倾向于设计病毒或细菌探针的，发现了另外一款软件，mrbait，可以用来设计常规探针。

软件安装如下：

#可以使用conda安装

conda install mrbait -c tylerkchafin -c bioconda -c conda-forge

#也可以直接从源码安装

git clone https://github.com/tkchafin/mrbait.git
cd mrbait
python ./setup.py install

在使用上，mrbait适用于多种输入格式，有maf，vcf，gff，fasta等。一般我还是选择输入fasta文件进行探针的设计。

基础命令如下：

python3 mrbait.py -A input.fa -b 120 -o output.probe -T 16 -s tile=40

其中，-b参数后是探针长度，-T是线程数，-s tile设定每次设计的滑动窗口移动的碱基数。由于我设计的是120bp的探针，想做一个3X 的Tiling，所以就把tile设定为40。

更多的参数建议去看mrbait的文档。