探针设计软件mrbait

以前曾经用过另外一款软件catch，但是catch是倾向于设计病毒或细菌探针的，发现了另外一款软件，mrbait，可以用来设计常规探针。

软件安装如下：

#可以使用conda安装

conda install mrbait -c tylerkchafin -c bioconda -c conda-forge

#也可以直接从源码安装

git clone https://github.com/tkchafin/mrbait.git
cd mrbait
python ./setup.py install

在使用上，mrbait适用于多种输入格式，有maf，vcf，gff，fasta等。一般我还是选择输入fasta文件进行探针的设计。

基础命令如下：

python3 mrbait.py -A input.fa -b 120 -o output.probe -T 16 -s tile=40

其中，-b参数后是探针长度，-T是线程数，-s tile设定每次设计的滑动窗口移动的碱基数。由于我设计的是120bp的探针，想做一个3X 的Tiling，所以就把tile设定为40。

更多的参数建议去看mrbait的文档。