在南非发现变异的新冠病毒后，当地的医学专家警告说，新冠疫情在南非的爆发目前仅是开始，还会出现第三甚至第四波疫情。
目前，南非疫情最为严重，截止12日总确诊人数高达近125万例，占非洲总确诊人数约1/3。但该国新冠总死亡数截止12日超过3.3万例，占非洲死亡病例总数近一半。
南非2020年7月经历过第一波疫情高峰，单日新增确诊病例曾高达1.3万例左右。之后，疫情逐渐平稳，每日新增病例数降至2000例左右。但从2020年11月下旬开始，疫情出现反弹。
特别是2020年底南非发现变异的新冠病毒后，疫情蔓延速度加快，感染人数迅速上升，每日重回万人以上并不断突破纪录。开普敦、约翰内斯堡、比勒陀利亚等大城市均成为第二波疫情的热点地区。
该国政府收紧新冠疫情防控措施，将防疫封锁等级从2020年底之前的一级上调至1月15日的三级，包括禁止室内和室外聚会、延长宵禁时间、在公共场所不佩戴口罩将被拘留或罚款，关闭疫情热点地区的海滩、公园和公共游泳池等。
比勒陀利亚大学诊断学研究教授蒂瓦尼·马桑巴表示，南非疫情大流行才刚刚开始，会有第三波，甚至第四波疫情到来。
对南非当局显然未能确保疫苗供应，也有越来越多的批评。上周，南非卫生官员宣布，到下月底，大约150万剂阿斯利康疫苗将会首先提供给卫生工作者。
目前还不清楚该国政府如何兑现在一年内将近6000万公民中三分之二的人口接种疫苗的承诺，但南非将通过全球一项向较贫穷国家公平供应廉价疫苗的倡议为该国10%的人提供足够的疫苗。
非洲其它国家
在2020年初，除了南非以外，南部非洲的刚果民主共和国、马拉维、纳米比亚、赞比亚和津巴布韦等国的新冠疫情也在持续增长。
非洲北部国家疫情也同样令人担忧。截止12日，非洲新冠确诊病例确诊总数最多的前几个国家除了南非外，大多都在非洲北部，总病例数超过10万的分别是摩洛哥、突尼斯、埃及、埃塞俄比亚、利比亚、阿尔及利亚等。
排在后面的是位于西非的尼日利亚，截止11日，病例确诊总数也超过了10万。尼日利亚是非洲人口最多的国家，有2亿人口。
再后是位于东非的肯尼亚，截止12日，该国病例确诊总数也接近10万。
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